Сибирский федеральный университет

Перевод названия: REVEALING THE RELATIONS BETWEEN CLOROPLAST AND HOST GENOMES WITH K-MENAS TECHNIQUE

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2014

Ключевые слова: order, triplet, frequency, classification, correlation, taxonomy, evolution, порядок, триплет, частота, классификация, корреляция, таксономия, эволюция

Аннотация: Представлены предварительные результаты исследования связи геномов хлоропластов с геномами организмов-носителей. 251 геном хлоропластов преобразовывался в частотные словари триплетов, затем в 63-мерном пространстве этих частот строилась классификация методом динамических ядер (до восьми классов). Полученные классы сравнивались по своему составу. Установлено, что видовой состав полученных классов не случаен: группы, полученные при делении, содержат эволюционно близкие группы геномов. Состав классов, выделяемых методом динамических ядер, оказался весьма устойчивым: доля волатильных геномов не превышала 20?% в худшем случае. Эта корреляция доказывает факт сильной синхронии в эволюции геномов хлоропластов и соматических геномов, поскольку кластеризация в пространстве частот проводилась по геномам хлоропластов, а определение таксономической близости – по морфологическим признакам (т.е. по соматическому геному). Some preliminary results are provided approving the strong synchrony in evolution of chloroplast genomes and host genomes. To do that, 251 chloroplast genomes has been converted into frequency dictionaries of triplets, and unsupervised classification (by K-means) has been implemented. It was found the taxonomy composition of those classes is extremely regular: they form the groups of evolutionary related organisms. The stability of clusterization provided by K-means was very high: a part of volatile genomes did not exceed 20?%. This correlation directly proves the strong synchrony in evolution of these two genetic systems, since the proximity in frequency space has been determined over chloroplasts, while the proximity in taxonomy has been determined morphologically (i.e. over somatic genomes).

Журнал: Фундаментальные исследования

Выпуск журнала: № 11-3

Номера страниц: 545-549

ISSN журнала: 18127339

Место издания: Пенза

Издатель: Общество с ограниченной ответственностью "Издательский Дом "Академия Естествознания"

• Садовский М.Г. (ФГБУН «Институт вычислительного моделирования» Сибирского отделения Российской академии наук)
• Чернышова А.И. (ФГАОУ «Сибирский федеральный университет»)

• РИНЦ (eLIBRARY.RU)
• Список ВАК