Разработка микросателлитных маркеров сосны кедровой сибирской (italicPinus sibirica/italic Du Tour) по результатам полногеномного italicde novo/italic секвенирования

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2016

Идентификатор DOI: 10.7868/S0016675816120031

Аннотация: Сосна кедровая cибирская Pinus sibirica Du Tour – один из важнейших лесообразующих хвойных видов России. Для решения задач изучения, сохранения и рационального использования генофондов этого вида требуется большое число молекулярно-генетических маркеров, особое место среди которых занимают высокополиморфные кодоминантные микросателлитные локусы. Разработка микросателлитных маркеров традиционными методами изоляции из геномных библиотек весьма трудоемка. В настоящей работе использованы данные полногеномного анализа сосны кедровой сибирской на основе высокопроизводительных методов секвенирования нового поколения. Этот подход позволил идентифицировать в геномной сборке P. sibirica большое число контигов, содержащих простые моно-, ди-, три-, тетра- и пентануклеотидные тандемные повторы и предположительно представляющие микросателлитные локусы. На их основе были разработаны 70 пар видоспецифичных олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами. По результатам тестирования этих праймеров были отобраны 18 наиболее перспективных средне- и высокополиморфных локусов, которые можно использовать в дальнейшем как генетические маркеры в популяционно-генетических исследованиях сибирской кедровой сосны. Праймеры, разработанные на основе контигов, содержащих большее число повторов (не менее 10), дали более высокий процент локусов с неспецифической амплификацией и “нуль-аллелями”, но и больший выход полиморфных локусов.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Генетика

Выпуск журнала: Т.52, 12

Номера страниц: 1418-1427

ISSN журнала: 00166758

Место издания: Москва

Издатель: Федеральное государственное унитарное предприятие Академический научно-издательский, производственно-полиграфический и книгораспространительский центр Наука

Авторы

  • Белоконь М.М. (Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва 119991)
  • Кузьмин Д.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета, Красноярск 660041)
  • Крутовский К.В. (Техасский АМ университет, Колледж Стейшн, Техас 77843-2138, США)
  • Политов Д.В. (Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва 119991)
  • Мудрик Е.А. (Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва 119991)
  • Полякова Т.А. (Российский центр защиты леса Федерального агентства лесного хозяйства, Пушкино 141207)
  • Шатохина А.В. (Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва 119991)
  • Белоконь Ю.С. (Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова Российской академии наук, Москва 119991)
  • Орешкова Н.В. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета, Красноярск 660041)
  • Путинцева Ю.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета, Красноярск 660041)
  • Шаров В.В. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета, Красноярск 660041)

Вхождение в базы данных

Информация о публикациях загружается с сайта службы поддержки публикационной активности СФУ. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.