Разработка ядерных микросателлитных маркеров с длинными (трех-, четырех-, пяти- и шестинуклеотидными) мотивами для трех видов лиственницы на основе полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.)

Перевод названия: Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novoWhole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.)

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2019

Идентификатор DOI: 10.1134/S001667581904009X

Ключевые слова: генетическое разнообразие, полногеномное секвенирование, гетерозиготность, хвойные, микросателлитные маркеры, лиственница, Larix., genetic diversity, whole genome sequencing, heterozygosity, conifers, microsatellite markers, Larix, larch.

Аннотация: Лиственница сибирская Larix sibirica Ledeb. является одной из преобладающих бореальных пород в Евразии и имеет высокую экономическую и экологическую ценность. Однако, несмотря на это, разработка и использование микросателлитных маркеров для ее исследования остаются недостаточными. Микросателлитные маркеры уже долгое время являются признанным инструментом для оценки популяционной изменчивости и структуры видов. В настоящей работе был проведен поиск простых три-, тетра-, пента- и гексануклеотидных тандемных повторов в геномной референсной de novo сборке лиственницы сибирской, локусы которой легко генотипируются даже путем простого гель-электрофореза. Всего было найдено более тысячи предположительных микросателлитных локусов. На основе этих данных были разработаны и проверены 60 пар олигонуклеотидных ПЦР праймеров. По итогам тестирования праймеров на образцах ДНК из трех видов лиственницы (L. sibirica Ledeb., L. gmelinii (Rupr.) Rupr. и L. cajanderi Mayr.) были отобраны 14 наиболее перспективных полиморфных локусов, которые могут успешно применяться для изучения и идентификации не только лиственницы сибирской, но также лиственниц Гмелина и Каяндера.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Генетика

Выпуск журнала: Т. 55, 4

Номера страниц: 418-425

ISSN журнала: 00166758

Место издания: Москва

Издатель: Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российская академия наук"

Авторы

  • Орешкова Н.В. (Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук)
  • Бондар Е.И. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Путинцева Ю.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Шаров В.В. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Кузьмин Д.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Крутовский К.В. (Техасский АМ университет, Колледж Стейшн)

Вхождение в базы данных

Информация о публикациях загружается с сайта службы поддержки публикационной активности СФУ. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.