Fast algorithm for vernier search of long repeats in DNA sequences with bounded error density

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2018

Идентификатор DOI: 10.1007/978-3-319-91938-6_8

Ключевые слова: deletion, Edit distance, gauge, insertion, Multiple sequence alignment, mutation, repeat

Аннотация: A novel algorithm to find all sufficiently long repeating nucleotide substrings in one or several DNA sequences is proposed. The algorithm searches approximately matching strings very fast with given level of local error density. Some biological applications illustrate the method.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Lecture Notes in Computer Science (см. в книгах)

Выпуск журнала: Т.10849 LNBI, №

Номера страниц: 88-99

ISSN журнала: 03029743

Издатель: Springer-Verlag GmbH

Авторы

  • Tsarev Sergey P. (Siberian Fed Univ, Svobodny Prosp 79, Krasnoyarsk 660049, Russia)
  • Senashova Maria Y. (RAS, Inst Computat Modelling SB, Krasnoyarsk 660036, Russia)
  • Sadovsky Michael G. (Siberian Fed Univ, Svobodny Prosp 79, Krasnoyarsk 660049, Russia; RAS, Inst Computat Modelling SB, Krasnoyarsk 660036, Russia)

Вхождение в базы данных

Информация о публикациях загружается с сайта службы поддержки публикационной активности СФУ. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.