РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (Larix sibirica Ledeb.) НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Перевод названия: Development of Microsatellite Genetic Markers in Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.) Based on the de novo Whole Genome Sequencing

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2017

Идентификатор DOI: 10.7868/S0016675817110091

Ключевые слова: генетическое разнообразие, геном, гетерозиготность, лиственница сибирская, Larix sibirica, микросателлитные маркеры, полногеномное секвенирование, genetic diversity, genome, heterozygosity, Siberian larch, microsatellite markers, Ngs, whole genome sequencing

Аннотация: Данный выпуск журнала посвящен выдающемуся популяционному генетику Юрию Петровичу Алтухову, который много внимания в своих исследованиях уделял разработке молекулярно-генетических маркеров для популяционных исследований. За прошедшее время маркеры и методы их разработки претерпели существенные изменения. Благодаря современным методам полногеномного секвенирова-ния стала возможной разработка маркеров очень широкого класса - как селективно-нейтральных, так и функциональных. Из них наиболее информативными, удобными, воспроизводимыми, относительно недорогими и полиморфными остаются по-прежнему микросателлитные локусы. Полногеномное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Данная статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для очень важного вида бореальных лесов - лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.). Из полученной сборки генома лиственницы были отобраны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с ди-, три-, тетра- и пентануклеотидными мотивами. Всего было протестировано 59 пар праймеров для локусов с динуклеотидными мотивами как наиболее изменчивых. Из них в конечном итоге были отобраны 11 пар для 11 локусов с динуклеотидными повторами, которые показали высокий уровень полиморфизма и могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для идентификации происхождения древесины и растительного материала.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Генетика

Выпуск журнала: Т.53, 11

Номера страниц: 1278-1284

ISSN журнала: 00166758

Место издания: Москва

Издатель: Федеральное государственное унитарное предприятие Академический научно-издательский, производственно-полиграфический и книгораспространительский центр Наука

Авторы

  • Орешкова Н.В. (Институт леса им. В.Н. Сукачева Сибирского отделения Российской академии наук)
  • Путинцева Ю.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Шаров В.В. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Кузьмин Д.А. (Научно-образовательный центр геномных исследований Сибирского федерального университета)
  • Крутовский К.В. (Техасский АМ университет, Колледж Стейшн)

Вхождение в базы данных

Информация о публикациях загружается с сайта службы поддержки публикационной активности СФУ. Сообщите, если заметили неточности.

Вы можете отметить интересные фрагменты текста, которые будут доступны по уникальной ссылке в адресной строке браузера.